东汉的中央政府组成沿用西汉官制，以三公九卿为基本架构。但是实际政治权力已经完全转移到尚书台。东汉皇帝即位，往往以太傅或太尉录尚书事，总领政务。东汉不设丞相（东汉末年曹操任丞相是特例），刺史成为一级地方长官，地方军队的职权也受到了极大的削弱。
御史台体制贬损，成为少府属官。侍中从西汉的加官转为正式职务，设侍中寺作为侍中的正式官署，隶属少府。
与西汉以太师、太傅、太保为上公不同，东汉唯以太傅为上公，无太师、太保。汉献帝末期，曹操迁都许昌，自任太师，位在太傅上。这是权臣擅权所为，死后即废。据《汉官》记载，太傅所属官吏有：长史一人，秩千石，掾属二十四人，令史、御属各二十二人。长史为太傅府群吏之长，掌章奏、顾问。掾属是比较高级的属吏，分曹办事。令史、御属是比较低级的吏员，办理文书、车马等琐事。
东汉在遵循西汉制度的基础上建立一套更加适合于自身的政治制度。与西汉相比，东汉官制的最大特点就是：“虽置三公，事归台阁”，三公权利的削弱，代之而来的是“尚书台”和六曹机构权利的大大加强，这就是后来“三省六部制”的雏形。
在加强封建中央集权方面，刘秀进行了一系列措施。东汉中央政府的官员分省官、宫官、外官三大系统。内官、外朝的区分古已有之，而在宫廷之中，皇帝日常起居的区域称省中（亦称“禁中”），因此内宫官员中又有宫官与省官的区分。在皇帝身边执役、照顾皇帝日常生活的是宦官，省中的宦者均隶属黄门令管辖。省内的禁卫工作亦由宦官但任。
刘秀即位，置大司徒、大司空、大司马。
大司徒，负责人民教化，掌礼仪诸事，与太尉、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
大司空，负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务，与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
大司马，负责全国军官的考核，每岁末，评定等次，上奏皇帝，作为军官升迁、降调的依据。
东汉一朝，由于讲求经术，太子宫臣中以太傅为首。太傅借此向太子灌输自己的政治理念。太子即位后，往往以太傅录尚书事，成为事实上的丞相。历史上，赵熹、邓彪、张禹、冯石、冯鲂、桓焉、赵浚均以太傅录尚书事。太傅死，即除此官（不再任命），以示崇重。汉灵帝时，以陈蕃为太傅录尚书事，后来陈蕃被处死，以胡广继任，这是唯一的例外。
西汉仿秦制，皇帝之下，中央政府的最高行政长官是丞相或称相国，丞相一人或两人（左右丞相）；次于丞相的有太尉与御史大夫，分掌军政与监察。后丞相又改称大司徒，太尉又称大司马，御史又改称大司空，合称三公，三公之上有上公（太师、太傅、太保），为荣誉职，不常置。三公之下，分设九卿，总管庶政，又有九卿以外的列卿宫官，与将军尚书台。
在汉之后的历代王朝的政治体制演化中都有所体现。汉朝录用官吏的征辟制度和举孝廉制度，从根本上改变了先秦时代的世卿世禄制度及其孑遗，开创了中国延绵数千年的文官治国制度。
三公九卿（sān gōng jiǔqīng）据史记记载“闻古之圣人，不居朝廷，必在卜医之中。今吾已见三公九卿朝士大夫，皆可知矣。试之卜数中以观采。”三公是中国古代最尊显的三个官职的合称。周代已有此词，西汉今文经学家据《尚书大传》、《礼记》等书以为三公指司马、司徒、司空，古文经学家则据《周礼》以为太傅、太师、太保为三公。西汉初承秦制辅佐皇帝治国者主要是丞相，另有最高军事长官太尉，但不常置。
从武帝时起，因受经学影响，丞相和太尉被称为三公。西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说，但秦并没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。汉武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。
