他为发展中国新文化教育事业，建立中国资产阶级民主制度做出了重大贡献，堪称“学界泰斗、人世楷模”。他试图通过贫儿院的试验和推广，逐步以学前儿童公共教育替代当时的家庭教育，最终实现学前儿童公育的理想。
他是中国近现代美育的倡导者，主张从家庭教育、学校教育、社会教育三方面实施美育，设想通过胎教院、育婴院、幼稚园三级机构实施学前儿童美育：把胎教作为美育的起点；让婴儿及其母亲生活在由自然美和艺术美构成的环境之中。
他认为幼稚园的美育一方面通过舞蹈、唱歌、手工等“美育的专题”进行，另一方面则要充分利用其他课内涵的美育因素，其72年的人生历程，一路经历风雨，始终信守爱国和民主的政治理念，致力于废除封建主义的教育制度，奠定了中国新式教育制度的基础，为中国教育、文化、科学事业的发展作出了富有开创性的贡献。
蒋介石在日记中评价他：“惟其在教育上与本党主义之功罪而言，以吾所见者，但有罪过而已，尤其是教育受其乡愿式之影响为更恶劣也。”
学者黄炎培：“有所不为，吾师之律己，无所不容，吾师之教人。欲人知求真一本自由，记从长绍兴中学，以至长北京大学，弗逾初旨。晚而主持科学研究。广纳众流，一贯斯道，从德量浑涵中，确标趋向，嗟余小子，心传窃奉终身。”
刘晓钢先生在实用文源流的研究中说：“到蔡元培的《论国文之趋势》、《国文之将来》，便正式把文章分为实用文和美术文（即艺术文）两大类，开始创立独立的实用文理论了。”
中共中央在唁电中誉其为“老成硕望”、“勋劳卓著”；国民政府发布褒扬令，赞其为“高年硕学”、“万流景仰”。
毛泽东在唁电中誉其“学界泰斗，人世楷模”。他是中国著名的教育家，提出了“学为学理，术为应用”，“学为基本，术为枝叶”的观点。
周恩来写挽联云：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由”。以生动形象的语言高度概括了蔡元培一生光辉伟大的功绩。
