晚清以降，随着民族危机的不断加深和西学在中国社会的广泛传播，中国知识界开始深刻反思科举制度的弊端，改革科举、兴办学堂的呼声日益高涨。1905年9月，清廷下诏，自丙午科开始，“所有乡会试一律停止，各省岁科考试亦即停止。”自此，实行长达1300年之久的科举制度终被废止。
在中国传统社会，科举制度是历代王朝的抡才大典，其影响扩及教育、选举、政治、经济、文化乃至习俗、心理等层面。因此，科举制度的废除对中国早期现代进程的影响不可小视。
在晚清，“废科举”几乎总是与“兴学堂”连在一起，新教育制度的建立与初步完善是废科举最直接也是最明显的一项成果。1905年废科举之后，各地兴办学堂的数量和速度都出现了一个高峰。全国的学堂在1905年仅有8277所，1906年就达到23862所，1909年则达59117所。与之相应，学堂学生也从1905年的不足26万人上升到1909年的1639641人。这种情形足以说明，废除科举对于兴办近代学堂具有巨大的推动作用。
科举制度废除之后，在教育领域内出现的进步还表现在新学制体系的建立和逐步完善。1902年8月和1904年月1月相继颁布的“壬寅”、“癸卯”两个学制，首次在中国确立了具备现代意义的学制体系：初等、中等、高等三个级别的教育层次分明，且分类细致；除普通教育外，还包括各类专门教育，如师范学堂、法政学堂、存古学堂、农工商矿等实业学堂以及方言、医学、体操、美术、警务等专门学堂。1906年，清政府颁发“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨，意味着教育从传统时代以儒家学说为全部内容的仪式化全能主义向实用化、专门化的转变，新的学堂教育不再单纯注重道德哲学和政治哲学的教养，还进行职业教育和知识教育。儒家学说虽然仍以清王朝国教的形态继续存在，但在教育领域一统天下的局面已被打破，经学仅仅作为教育体系中的一个门类存在，不再具备统率一切的意义。由此可见，科举制度的废除意味着中国封建教育的终结，同时促使中国社会对于“科学知识”日渐重视，并使之制度化。
为了保证各地学务的顺利开展，专门化的教育行政和教育管理系统亦随之建立起来。1905年12月，奉旨成立的学部下辖总务、专门、普通、实业、会计五司，以及翻译图书局、学制调查局和京师督学局三局，成为全国管理教育的最高行政机关，教育行政系统正式从礼部独立出来。次年在各省裁撤学政，改设提学使一员，与藩臬二司并重，统辖全省的学校教育事宜。提学使之下设有学务公所，佐提学使参划学务，并备督抚咨询。此外，清政府还积极鼓励民间的兴学行为，倡仪各府厅州县广泛设立劝学所、教育官练习所和教育会等组织，延聘士绅参与学务。这样，在清政府及民间社会的共同努力下，从中央到地方，从官府到民间，完整的教育行政和教育管理系统终于架构起来。这是清末教育改革所取得的巨大成就。完整的新学制的确立，教育内容的转变以及教育行政的日益专门化都表明，至少在教育领域，废除科举对于中国早期现代化的推动作用是毋庸置疑的。
科举制度集教育与选举功能于一身，它的废除对政治权力结构及其运行方式也产生了巨大冲击。在传统社会，读书人接受君君臣臣、尊经尚书的学术训练，并将其引以为不可动摇的绝对价值观，科举制度则为专制政治的延续不断地输送官僚后备力量。废科举、兴学堂以后产生的新兴知识分子群体接受了自由民权思想，日益获得独立的人格和开放的思想。这就意味着传统政治资源自我补给、自我更新、循环往复的方式难以为继，同时为现代社会所需的新兴知识精英也迅猛崛起。1903年月12月，清政府颁布《各学堂奖励章程》，规定各类学堂毕业生经考试，给予举人、贡生、进士等出身，并分别等第以翰林院编修、检讨、内阁中书或知县、七品京官等录用。在清末推行官制改革和举办宪政、地方自治的过程中，一些新兴部门及职位需要专业型的技术和行政工作人员，也为学堂学生的入仕提供了可能。新式知识分子在各级政权中的任职，既改变了官僚组织的构成，又对王朝体制下政权现代化的改造和建设产生了重要推动力。
科举制度的废除打破了传统的精英选拔机制，使得社会精英的构成呈现多元化趋势。旧时代的举贡生员通过种种途径进入到新的社会结构中，新时代的学堂学生则因科名奖励的沿用而被继续冠以进士、举贡等名号，同样参与到社会流动当中。以新式教育制度为中介，社会精英的流动不再局限于“学而优则仕”的一元模式，开始向各行业逐步扩散。知识精英构成的多元化和职业取向的多样性不仅表明中国社会结构的日益复杂及其功能的分化，而且促进了中国社会早期现代化的进程。
