《神女赋》塑造了美丽而且光彩照人的神女形象，使这个令人心驰神往的故事千古流传。同时关于这篇赋有太多的争议了，它的主旨，梦的主人公等等，人们都有不同的看法。
此赋开了汉代辞赋铺张扬厉的先河，对赋体文学的发展起了先导作用。此外，赋中为了表现神女之美，作者还创造了许多形象新颖的词句，如“浓不短，纤不长”、 “婉若游龙乘云翔”、“眉联娟以蛾扬兮，朱唇的其若丹”等等，由于这些词句的优美和形象性给人以丰富的想象余地，所以被后来的许许多多作家所模仿和袭用，成为中国古代描写美女常用的词句。另外，文学史上不少作家，如王粲、杨修、陈琳、江淹等都写过《神女赋》，但在为数不少的同类作品中，流传最广、影响最大的还是此赋。
作者争议
有人认为《高唐赋》和此赋非宋玉所作，系后人伪托，主要理由有二：一是二赋语言风格与楚辞其他作品不同，却和汉赋相近，二是宋玉为楚臣，不会直呼“楚王”、“楚襄王”。但二赋为宋玉所作是主流意见。
题目争议
题目上，有人将此赋与《高唐赋》合为《高唐神女赋》，这是错误的。
文字争议
此赋中争论最大的问题是：“梦与神女遇”到底是楚襄王之梦还是宋玉之梦？
从内容看
自北宋沈括《梦溪笔谈·补笔谈卷一·辩证》认为是“玉梦”（玉梦说）后，南宋姚宽《西溪丛语》、明代张凤翼《文选纂注》、明代陈第《屈宋古音义》、清代胡克家《文选考异》、清代朱珔《文选集释》以及近现代的俞平伯、袁珂、朱碧莲、金荣权等承袭并进一步引申之。与此相反，清代张惠言《七十家赋钞》从《高唐赋》与此赋的文义方面分析力主为“王梦”，马积高《赋史》、毕万忱等《中国历代赋选（先秦两汉卷）》、杨义《楚辞诗学》、吴广平《宋玉集》等赞同（王梦说）。
照“王梦说”来看，此赋与《高唐赋》存在结构上的不一致：《高唐赋》中是宋玉给楚王讲故事，楚王听着高兴，叫宋玉再给他“赋”一回，而此赋中却是楚王作梦，楚王给宋玉讲梦，讲完后又让宋玉给他“赋”一回。再者，就“王梦说”而言，此赋写法上也有说不通的地方：“状何如也？”之后两部分相连都是“王曰”，从内容上看从逻辑上看都有问题。但是，若此赋序中的“王寝”、“王异之”、“王曰晡夕之后”、“王曰：‘茂矣美矣……’”以及正文中的“玉览其状”五处的“王”作“玉”而“白玉”、“玉曰：‘其梦若何？’”、“玉曰：‘状何如也？’”三句中的“玉”作“王”，即按“玉梦说”来看，此赋就是写宋玉作梦后给楚王讲梦，楚王听后心里高兴，于是叫宋玉再给他“赋”一回，“王梦说”中存在的矛盾就迎刃而解了。
由此来看，似是“玉梦说”优于“王梦说”。湖南科技大学人文学院中文系教授吴广平《宋玉〈神女赋〉梦主考辨》一文则从“王梦说”的角度来举证解决上述矛盾，有理有据，又似是“王梦说”优于“玉梦说”。因此，从文本训诂方面来看，二说各有优劣，是非难断。
从宗教背景看
人类学家考察了世界各地的春季仪式，发现新春祭祀仪式都以男女交合为重要内容，“春祭礼仪虽然伴随有集体性的男女交媾，但是仪式表演的核心人物却只有两位，那就是模拟谷神或天父、代表着宇宙间阳性生命力的国王和模拟爱神或地母、代表着宇宙间阴性生命力的女祭司。由于他们二人的性结合是整个春祭礼仪的核心的内容，所以人类学家和宗教史家们给此类春祭仪式起了一个专名——圣婚仪式（the sacred marriage rite）”。
叶舒宪通过分析英国弗雷泽（J. G. Fraser）所著的《金枝》、美国克拉默尔（S. N. Kramer）所著的《圣婚仪式》、英国胡克（S. H. Hooke）所编的《宗教、仪式和王权》以及德国纽曼（E. Neumann）所著的《大母神：一个原型的分析》等书，发现圣婚仪式在古代苏美尔文化、巴比伦文化、希伯来文化、埃及文化、希腊罗马文化，尤其是古希腊Eleusis城的秘传宗教中，非常流行。而且圣婚仪式上的男主人公毫无例外是国王自己扮演的。
他还研究发现，《高唐赋》和采访所描写的性梦发生地分别是“云梦之台”和“云梦之浦”，均是举行春祭地母——高禖仪式的圣地，因此也是以圣婚仪式为宗教背景的。既然采访是以圣婚仪式为宗教背景，那么梦遇神女的就绝对是楚襄王，而不可能是宋玉。
主旨争议
关于《高唐赋》与此赋的主旨，前人多有争议，前人的看法大体可以概括为以下几种说法：
讽谏说
如：“此赋盖假设其事，讽谏淫惑也”（《文选》李善注）、“或问作者之意，曰：‘讽也’”（明人陈第《屈宋古音义·题神女赋》）、“所以抑流荡之邪心。”（清人何焯，《文选集评》引）、“借以讽刺襄王的追求淫乐。”（马积高《赋史》）、“谏襄王祭祀高裸之事”（刘刚《宋玉辞赋考论》）等。
主淫说
如朱熹“断其为礼法之罪人”（《楚辞后语·序》），认为其所赋是男女淫乐之事；闻一多说神女“有着淫奔的嫌疑”，“堕落成一个奔女”（《神话与诗·高唐神女传说之分析》），其意也近乎此。
寄寓说
如南宋洪迈说： “其为寓言托兴甚明……玉之意可谓正矣”（《容斋随笔·卷三》），以为寄寓了君臣遏合的理想，令人对此多有引申与发挥，如袁珂说宋玉作此赋的目的“是要引起楚襄王对神女所在地的措意、留心”（《宋玉〈神女赋〉的订讹和高唐神女故事的寓意》），毕万忱等说是“对美好事物的追求和向往”（《中国历代赋选》）等。
言情说
如姜亮夫所说“只在用超人的规模来写佚荡的情思……只是从人生娱乐出发”（《楚辞学论文集》），褚斌杰所说“写男女之情”（《楚辞概论》）等。
心理疏导说
如杨义所说的“这是把楚襄王的紊乱意识、朦胧梦境加以明晰化，对期间所隐藏的性爱原欲进行顺势的疏导和发散，不失为一种精神治疗的策略。”（《楚辞诗学》）。
结合宋玉“文学侍从”的身份以及他的《风赋》、《登徒子好色赋》、《大言赋》、《小言赋》等作品来看，此二赋的主旨应当并无过多的深意，只是宋玉在侍从楚襄王出游时助其兴致的娱乐之文，其根本目的还是为了取娱君主，可将其概括为“娱君说”。至于其中的“讽谏”与“寄寓”的深意，恐怕更多是后来人品味出来的。
