和珅在嘉庆面前肆无忌惮，总是一口一个太上皇，从不把嘉庆这个皇帝放在眼中。嘉庆将这些都隐忍了下来，但是和珅却不知好歹，希望能够剪除嘉庆的羽翼。
嘉庆皇帝最信任的人是自己的老师朱珪。朱珪，字石君，号南厓，是顺天大兴人（今北京大兴）。17岁时，即与其叔兄朱珪筠同榜成为举人，第二年便高中进士。乾隆四十一年（1776），朱珪被任命为尚书房行走，成为嘉庆的老师。
朱珪为人胸中无城府，于经艺无所不通，对国家尽心尽力，其门生遍天下，尤其对于寒门子弟，朱珪更是大加奖掖提拔。这样的一个人，自然受到乾隆皇帝的尊敬，所以才会派他去给自己选定的太子做老师。嘉庆皇帝登基之后，朱珪时任两广总督，并不在京中。嘉庆皇帝十分希望自己的老师能够回京任职，至少在孤立无援的朝廷中，能够助自己一臂之力，但是嘉庆怕引起乾隆的猜忌，所以不敢与老师有什么联系。
朱珪也十分想回京协助自己的学生，他想出了一个办法。他将乾隆的诗作四万余首搜集整理成册，在每一首诗下详细的加上了自己的注解、评论。乾隆学识渊博，诗作中爱用生僻典故，这项工作是一项浩大的工程，也唯有朱珪的学识才能够完成。进献给乾隆之后，乾隆果然很高兴，在嘉庆元年（1796）六月擢升朱珪为大学士，召还京师。嘉庆皇帝十分高兴。但是和珅却十分着急。
和珅知道朱珪是嘉庆的亲信，又是天下闻名的大学者，自己在朝中苦心经营多年，如果让朱珪回京与嘉庆皇帝联手，自己就多了一个强大的敌人。终于和珅在嘉庆皇帝的诗中，找到了把柄。
乾隆五十五年（1790）是乾隆皇帝80大寿之年，又是朱珪的花甲之年，当年的嘉亲王曾写了一首诗给自己的老师：
圣主八旬岁，鸿儒花甲年。
三天德夙著，五福寿为先。
律转德浃辰，辛占二百前。
……
吏铨资重任，台鼎待名贤。
文笔超韩柳，诗才贯道禅。
早锤爪瓞盛，不使葛藤牵。
设醴诚难罄，尊师敬独尊。
期颐长颂祷，如阜更如川。
诗句中有两处地方相当不合适，一是首句，将乾隆与做臣子的朱珪并列，有对乾隆不敬之嫌；二是“吏铨资重任，台鼎待名贤”一句，在自己尚未继位之时，便有这样类似许诺的话，有收买人心之嫌。和珅抓住这首诗，向年老多疑的乾隆皇帝做了汇报。
乾隆皇帝在和珅的挑唆之下大怒，命军机大臣董诰彻查此事。董诰素来看不惯和珅的跋扈，便对乾隆说：“这是当今皇上尊师敬师之作，皇上跟随朱珪读书多年，感情真挚，朱珪又蒙太上皇圣恩，所以皇上会有重任之句，想来皇上宅心仁厚，将太上皇与老师并列，也并非是有心。”
乾隆考虑了很久，虽然最终没有就此事借题发挥，但仍旧将朱珪调任安徽巡抚，不许他进京。等到乾隆去世之后，嘉庆派人快马迎请朱珪，朱珪到京城后，嘉庆竟与朱珪执手痛哭，可见几年之间，嘉庆皇帝受和珅钳制之深。
嘉庆三年（1798）的冬天，乾隆的身体每况愈下，朝中和珅依旧肆无忌惮，国内白莲教起义也如火如荼，和珅作为首席军机大臣，反而利用白莲教起义假传捷报，私分赏金。嘉庆皇帝知道自己出头之日已经不远，决定震慑一下和珅。
这一日嘉庆皇帝召见和珅，屏退了侍卫，嘉庆不动声色地问和珅：“太上皇对你如何？”
和珅跪拜在地：“太上皇对奴才恩比天高，奴才誓死以报。”
嘉庆仍然不动声色，说：“那么，朕对你如何？”
和珅这个奴才张口就来：“皇上对奴才恩遇有加，奴才铭记在心。”
嘉庆突然变了口气，厉声说道：“那么朕与太上皇，谁更贤明？”
和珅一下子瘫坐在地上，不知该如何作答，嘉庆厉声逼问，和珅只得回答：“太上皇和皇上都是贤明之君，太上皇有知人之明，皇上有容人之量。”
这句话已经是乞求嘉庆饶恕自己了。自此，和珅明确地知道了嘉庆对自己的痛恨，但是他没想到嘉庆会那么快对自己动手。
嘉庆四年（1799）正月初三日凌晨，乾隆驾崩了。驾崩之前，在他治下的大地上，贵州湖南的苗人起义和河南的白莲教起义已经将他的太平盛世搅翻了天。
正月初三，嘉庆仍命和珅负责办理乾隆的丧事，由于和珅为首席军机大臣，名字仍列第一位。
正月初四，嘉庆命和珅与福长安为乾隆守灵，不得擅自出门，将二人软禁起来。在前朝嘉庆马上任命自己的兄弟永璇等人接管了和珅的一切权力，并选调一批自己长期观察可靠的官员进入军机处。一切布置妥当，嘉庆皇帝下诏，谴责镇压白莲教起义的官员们冒功请赏、营私舞弊。
诏书一下，王念孙和刘墉打响炮轰和珅的第一炮，率先上疏弹劾和珅。嘉庆皇帝马上褒奖了王念孙与刘墉。这一下，朝臣们看出风向已变朝廷中掀起了一股弹劾和珅的风潮，参奏和珅不法行为的奏折堆满了嘉庆皇帝的御案。不过也有嗅觉迟钝的官员竟然给和珅写信让和珅节哀，这一切都被嘉庆皇帝掌控了。
正月初八，嘉庆皇帝下手了。和珅被革除了军机大臣、九门提督等军政职务，交刑部法办，由刘墉会同永璇、永瑆及额驸拉旺尔多济负责彻查和珅的罪行。和珅甚至还没来得及面见嘉庆，就已经被治罪，实际上，嘉庆再也不想看见和珅了。
和珅早已经恶贯满盈，刘墉很快就查清了和珅的罪行，并列举了二十大罪状上奏嘉庆：
一、当乾隆皇帝册立嘉庆皇帝颙琰为皇太子时，先期呈给颙琰如意，泄露机密以为拥戴之功。
二、在圆明园内骑马，直入左门，过正大光明殿，至寿山口。
三、乘轿出入神武门，直进宫中。
四、娶出宫女子做小老婆。
五、川、楚教匪滋事，各路军营文书报告，延搁不报。
六、乾隆皇帝病重时，毫无忧戚，逢人谈笑自若。
七、乾隆皇帝批阅文件，字写错了，竟然说不如撕掉另拟。
八、管理吏、户、刑三部，一手遮天，变更成法，不许手下的人参议一个字。
九、青海报贼匪聚众抢劫杀伤，将原折驳回，隐匿不报。
十、乾隆崩后，朝廷有旨蒙古王公未出痘者不必来京，却违背谕旨，无论出没出痘者，俱不令来。
十一、任人唯亲，与自己关系密切的人吴省兰、李潢等人，俱保举提升。
十二、军机处在册人员随意撤去。
十三、私盖楠木房屋，奢侈豪华，超标准、超规格。
十四、其坟茔设立享殿，开置隧道，致使老百姓称之为“和陵”。
十五、所藏珍珠手串200余串，比宫中多好几倍，其中的大珠，比皇帝帽子上戴的还大。
十六、真宝石顶，不是他应该戴的，却藏数十余颗，还有整块大宝石，为宫里所没有的，不计其数。
十七、家中银两衣饰等物，数逾千万。
十八、夹墙内藏赤金26000余两，私库赤金六千余两，地窖埋银百余万两。
十九、当铺钱铺资本10余万，与民争利。
二十、家人刘全资产亦20余万，且有大珠及珍珠手串。
和珅对这二十条大罪供认不讳，嘉庆皇帝对此十分满意。
正月十一日，嘉庆皇帝将和珅的二十条罪状昭告天下，要求各省督抚、部院九卿对和珅议罪。
正月十五日，直隶总督胡季堂上奏建议将和珅以“大逆”之罪，凌迟处死。此议一出，各省督抚纷纷附议。但刘墉、董诰、朱珪等老臣却认为和珅毕竟没有谋反之心，虽罪恶滔天，但恩赐自尽反而更显皇帝的仁德。
正月十八日，嘉庆皇帝下诏：赐和珅白绫一条，令其狱中自尽，福长安判斩监候。嘉庆本念福长安与自己是表亲，希望他能悔改，谁知福长安对和珅死心塌地，嘉庆命福长安到狱中亲眼看着和珅自尽，以吸取教训。
正月十五日，和珅在狱中还满心以为在乾隆大丧期间，嘉庆不敢对自己大开杀戒，但他也知道，自己已经是命不久矣。正月十八日夜，赐死圣旨一到，和珅的心情反而平静许多，他挥毫写下绝命诗一首：
五十年来梦幻真，今朝撒手谢红尘。
他日水泛含龙日，认取香烟是后身。
旁的福长安泪流满面。
惩治和珅之后，和珅的党羽仍旧布满朝廷，这些人原本是和珅与嘉庆对抗的砝码。如何处理和珅党羽，嘉庆皇帝表现出了自己的大度，对于巴结和珅的官员一概不再追究，这也许就是和珅说的“有容人之量”吧。朝鲜使臣曾评价嘉庆皇帝，认为，皇帝有智勇仁三大德：皇上登基之后，明知道和珅不法，却能够与和珅逶迤周旋，这是“智”；数天之内闪电般的结束了这场案子，这就是“勇”；而不追究和珅党羽，能使臣子洗心革面安心做官而朝政焕然一新，这便是“仁”。
