我国历史上伟大的史学家和文学家司马迁，生长在西汉武帝时代，曾任太史令，因为李陵降匈奴事辩护而触犯武帝忌讳，遭受腐刑。被刑后，他怀着极大的悲愤和憎恨的心情，坚持完成了50万言的历史巨著——《史记》。鲁迅称之为“史家之绝唱，无韵之离骚。”
《史记》展示了从传说中的黄帝到西汉武帝时代的3000年的历史画卷。《史记》问世以后，历代都有专门研究《史记》和研究司马迁的学者，国外也不断涌现研究《史记》的专家，可是对于司马迁的卒年和死因这个问题，由于史料的缺乏，始终未能得到令人满意的结果。
正史中未载司马迁卒年，有人认为这是司马迁善终的证明，也有人认为这恰恰说明司马迁死得不明不白。东汉学者卫宏曾云：“司马迁作景帝本纪，极言其短，及武帝过，武帝怒而削去之。后坐举李陵，李陵降匈奴而迁有怨言，下狱死。”葛洪《西京杂记》也有相类似的记载。有人据此认为司马迁是因作《报任安书》而死的，且死在作《报任安书》的当年。据王国维考定报任安书作于太初四年（前101年）。郭沫若认为司马迁下狱的事世上必有流传，故卫宏、葛洪均笔之于书。
卫宏和葛洪都是颇有名望的大学问家，不会无中生有歪曲事实。班固在《汉书·司马迁传》中叹息以迁之博物洽闻而不能以智自全，悲其既陷极刑（指腐刑）之后又不能自保其身。这说明司马迁不是自然而死。《汉书》载司马迁被刑之后，又“尊宠任职”，为中书令（皇帝的御用秘书），可说是“载卿相之列。”郭沫若认为《盐铁论·周秦》篇中的既“下蚕室”而后又“就刀锯”，就是暗指司马迁的再度下狱致死之事。
对此，有的学者则提出异议。目前尚存卫宏提及太史令和司马迁行事的记载，共有四条。经考证，至少有两条不符合史实，故卫宏说司马迁“下狱死”一事，殆不可信，至少也是孤证。古人认为“身体发肤受之父母，不敢毁伤”。《汉书》叹司马迁“既陷极刑”，“不能自保其身”，应当从古人的这种含义上来理解。《盐铁论·周秦》篇文学之言与司马迁根本风马牛不相及，“下蚕室”之后又“就刀锯”，原意只是指一种刑罚所造成的社会不良风气，乃证明汉武帝严峻之治的无效，不能解释为司马迁两次下狱。
也有人认为司马迁可能死于汉武帝晚年的“巫蛊之狱”。巫蛊案发于征和元年（前92年），身为治巫蛊使者的江充与卫太子有怨，恐武帝晏驾后为太子所诛，遂大开杀戒以借机剪除太子，太子杀江充后自杀。武帝穷治巫蛊之狱，转而穷治太子死之狱。一直到征和四年（前89年），前后死者达十几万。
司马迁的好友任安，就是“巫蛊之狱”的殉难者之一。这场灾难，牵及到当时许多文武官员，司马迁恐怕也难以幸免。又据《史记》记事内容分析，太初四年（前101年）至征和二年（前91年）还有记事，征和三年（前90年）后无记事，司马迁很可能是《汉书》所云“巫蛊之祸，流及士大夫”的牺牲者。
还有人主张司马迁死于武帝之后。西汉学者褚少孙曾说过“太史公记事，尽于孝武之事”，《史记》各篇里有汉世宗的谥号“武帝”。“武帝”系汉世宗刘彻死后，后人所追封，如司马迁死在武帝之前，怎么会知道这谥号呢？有人考证司马迁《报任安书》作于征和二年（前91年）十一月，距武帝驾崩仅四年，从《报任安书》的内容来看，知道当时《史记》尚未全部完成，此后必有修整补辑，故涉及到武帝的部分，必称谥号，则不足为奇了。
总之，司马迁到底是“有怨言，下狱死”或是为“巫蛊之狱”所累及，还是平安地活到武帝之后，寿终正寝，目前尚无明文信史作据，有待于今后新史料的发现和人们的进一步研究。
