赤眉军，中国古代著名的农民起义军之一。
赤眉军于天凤5年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随著赤眉军的发展，在地皇3年（22年）王莽派出其子王匡、廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州、豫州各地。
23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。
莒州起义
樊崇，琅琊灵门人（今莒之北境），出身贫寒家庭，是个朴实、勇敢的农民。他身高力大，见义勇为，好打抱不平，穷苦农民都很喜欢他，愿和他一起共事。
莒州本是有古老文化传统的地方，但也是统治阶级剥削压迫农民最残酷的地方，特别到了西汉末年，封建社会矛盾激化，不但被剥削阶级压迫得无法生活下去，连剥削阶级也不能维持他的统治了。王莽篡汉复古"改制″的失败，使严重的社会危机进一步加深。
土地兼并的趋势继续发展，压在人民身上的徭役和赋税负担比以前更加沉重。同时统治阶级滥用刑罚，使百姓陷入水深火热之中。樊崇在家乡活不下去，就到莒州雇给人家扎活，想以此摆脱饥饿。但王莽新朝的官吏在莒州更加残酷地向农民勒粮逼税。扎活的樊崇为了活下去，就伙同一起的穷人和一些年轻力壮的农民，于公元18年（新莽天凤五年），在莒州起义。这是继海曲（日照）吕母起义之后，又一次在莒州举起了义旗。
号称赤眉
琅笽郡人樊崇起兵于莒，有众百余人，转战到太山，自号三老。这时青、徐二州闹大饥荒，盗贼蜂起，强盗们认为樊崇勇猛，都归附于他，一年之间扩大到万余人。樊崇同郡人逄安，东海郡人徐宣、谢禄杨音，也各起兵，合起来达数万人，都引兵归樊崇。中职位最高的号为三老，其次为从事，再次为卒吏，一般的泛称为“巨人”。
王莽遣平均公廉丹、太师王匡发动进攻。樊崇等准备迎战，但耽心自己部下与王莽兵混淆不清，于是令自己部下都把眉毛涂红以相识别，从此号称赤眉。
纪律严明
赤眉军纪律严明。史书上称“乃相与为约：杀人者死，伤人者偿创”。“赤眉军以泰山作根据地，在青、徐二州间来回打击官府，抢粮救灾。各地均有富翁，存粮如山。周围百姓，因连年干旱和蝗虫灾害，草根树皮都吃不上，饥饿的人民四处流离，死者无数。樊崇看到面黄肌瘦的老百姓和沿途饿死的民众，伤心流泪，他下令起义军：所到之处打击贪官污吏，抢粮救灾。当地刺吏、郡守不能治，逃之夭夭。发展壮大
公元21年（地皇二年），王莽派大将景尚率领一队官兵来剿樊崇领导的起义大军。赤眉军和官军大战一年多，打了大胜仗，把景尚杀死。王莽大怒，又派遣太师王匡、更始将军廉丹率十万大军赶来镇压赤眉军。赤眉军作战勇敢，又深得百姓拥护，在成昌（今山东东平县）大战一场，樊崇一枪刺中了王匡的大腿，王匡慌忙夺路逃命，廉丹被赤眉军首领之一董宪杀死，官军溃败。经过这场大战，赤眉军更加壮大了，发展成十多万人的武装。
昆阳之战
公元23年，地主阶级反王莽的武装集团立刘玄做汉帝，号称更始帝。
更始政权建立后，派王凤、王常、刘秀等率兵攻占昆阳（今河南叶县）、定陵（今河南舞阳东北）、郾县（今河南郾城）等地，又派刘縯率兵进攻宛城。王莽发州郡兵四十三万，号称百万，由王邑、王寻率领，企图一举消灭绿林军。莽军南出颍川，前锋约十万人进围昆阳。王凤、王常率义军八九千人坚守昆阳，以待援兵。刘秀、李轶等轻骑突围，从郾、定陵等地召集一万余义军星夜驰援。
进抵昆阳时，刘秀率死士三千人从城西突袭王邑、王寻的中军大营，杀王寻。昆阳守军也乘机出击，内外夹攻，莽军大溃，王邑与残部数千人逃归洛阳。
新莽灭亡
莽军主力被歼后，各地纷纷起兵，诛杀新莽官吏，用汉年号，以待更始诏命。新市、平林诸将看到刘縯、刘秀的声名日盛，劝刘玄除掉了刘縯。绿林军随即兵分两路：一路由王匡率领攻洛阳，一路由申屠建、李松率领攻武关。更始元年（公元23年）九月，绿林军在各种反莽力量的配合下，顺利攻取长安。
王莽逃至渐台，被商人杜吴砍死，从而结束了新莽政权的统治。十月，刘玄北都洛阳，次年又移都长安。
