南宋军制与北宋不同，以屯驻大军为正规军，取代了北宋禁军的地位。南宋初年，御营司为最高军事机关，绍兴十八年后军权始归枢密院。
南宋初年，顿驻诸军由诸大将分统，军力大大强于三衙之军，并在一定程度上恢复了藩镇制，形成弱干强枝的局面。“绍兴和议”时，削诸将兵权，加强中央军权，其军队内部编制与军官职级也不同于北宋。南宋初年，御营司为最高军事机关，绍兴十八年后军权始归枢密院。
军队的主力为屯驻大兵和三衙诸军。屯驻大兵即抗金各将领所率领、屯驻在前线的军队。其称谓几经变易。后来，朝廷为加强对各屯驻大兵的控制，将其改为御营军或行营护军。绍兴十一年（1141），又剥夺韩世忠、张俊、岳飞等大将的兵权，把他们的部队改为御前诸军，“遇出师取旨，兵皆隶枢密院”（《宋史兵志》）。
南宋初期，重建军事力量乃为必然之举。南宋中央在招收溃兵、盗贼及勤王之兵等基础上，开始军事重建之路，最终形成几支较强大的军事力量，于是有了岳家军、韩家军的出现。这触犯了宋王朝的大忌讳，有成为私人武装的危险。因而南宋有收回张俊、韩世忠、岳飞三大将兵权的举动。岳飞有大功于国，却被以“莫须有”的罪名而杀害，招募的军队中央无法进行有效的指挥。
故南宋中央军事主体力量的重建，主要便是将军队的领导权、指挥权收归国有，由中央指挥全部的军队。南宋中央主力军的重建与南宋的政治、对外关系、国内舆论、经济等密不可分，无论哪一方面的转变，都会影响军事重建的过程与效果。因之南宋初期种种军事缺陷，使得接连发生四件对南宋历史至关重要的事件，分别为：明受政变、淮西兵变、第一次“绍兴和议”与收兵权。
南宋中央对这四次危机的处理，愈来愈成熟，并由完全被动逐渐转化成完全主动，显示中央已具备能力控制境内的诸大军。在对待议和问题上，中央文官层的大部分皆持反对态度，与武将无异。不过，他们更担心武将势力的强大，会形成尾大不掉之势，威胁到政局稳定，故秦桧集团才得以与金签订和议。
南宋置御营司，自收三大将兵权后，诸军皆冠以“御前”二字，其将领为都统制、统制、副统制和统领。
除陆军沿袭北宋外，为防卫海岸线与长江沿岸的城镇，南宋朝廷还建立了一支强大的水师。高宗建炎四年（1130）年水师编有11支舰队，3000名水兵。孝宗淳熙元年（1174年），增加到15支舰队，21000名水兵。而到理宗嘉熙元年（1237年），更达到22支舰队，52000名水兵。
从军事斗争上看，南宋是造就了许多爱国志士、民族英雄。南宋王朝长期处于金国、蒙元等外族入侵的严重威胁之下，为此南宋军民进行了一百多年艰苦卓绝的抵抗斗争，涌现了无数气壮山河、可歌可泣的民族英雄，如宗泽、韩世忠、岳飞、谢枋得、陆秀夫、文天祥等。仅《宋史·忠义列传》就收录有爱国志士277人，其中大部分是南宋人。
