在南北战争中，林肯政治策略的中心是维护联邦的统一。在他的心目中，“联邦意味着自由的政府、民存、民治、民享的政府。”他认为内战应把拯救联邦、恢复国家的统一作为最高奋斗目标，他的这一态度一直坚持到内战的胜利结束为止。
在内战初期，林肯回避奴隶制问题，到内战中期他发表《解放宣言》，直至内战后期对南方叛乱政府和军队采取宽容政策，都是服从于联邦统一这一最根本的目的。内战初期，废除奴隶制与维护联邦统一孰先孰后，成为美国朝野争论的焦点。
林肯与反对派（激进派和废奴主义者）在这问题上的看法有着很大的分歧。反对派认为应先解放南方各州黑奴，然后平叛。林肯则从考虑国家整体和长远利益出发，认为维护联邦的统一是一首要问题，在1861年7月4日致国会咨文中，他强调“联邦不可分”。
国会参众两院比较赞同林肯的观点，随后一致通过关于战争目的的决议。宣称战争“不是为了任何征服或者镇压目的，不是为了推翻或干涉南部诸州的权利和现存制度，战争的唯一目的就是保存联邦”。“维护联邦统一”成为林肯政府的纲领口号，成为南北战争的至上目标。
基于这个目的，对奴隶制问题林肯采取回避态度。他认为：“如果我能拯救联邦而不解放一个奴隶，我愿意这样做；如果这是为了拯救联邦需要解放所有的奴隶，我也愿意这样做。”在当时的情况下，联邦是唯一能团结最大多数人的旗帜，也是唯一能导向胜利的旗帜。面对美国当时的现实状况和客观形势，林肯采取回避奴隶制的策略是明智的。它服从并有利于维护联邦统一这一中心目的。
在战争第二阶段，林肯改变了回避奴隶制的策略，毅然宣布解放奴隶。1862年9月22日，林肯亲自起草了《解放黑人奴隶宣言（草案）》。1863年1月1日正式颁布《解放黑人奴隶宣言》，宣布即日起废除叛乱各州的奴隶制，美利坚联邦叛乱下的领土之黑奴应享有自由。解放的黑奴可以应召参加联邦军队。宣布黑奴获得自由，从根本上瓦解了南军的战斗力，也使北军得到雄厚的兵源。
内战期间，直接参战的黑人达到18.6万人，他们作战非常勇敢，平均每三个黑人中就有一人为解放事业献出了生命。为维护国家统一和解放黑人奴隶做出了重要贡献。
南北战争行将结束时，激进派认为应当把南方参加叛乱的各州“当作被征服地区来看待，并且把新人移到那里，而把叛乱者驱逐出去”，林肯反对激进派的主张，认为南部各州在法律上从来没有脱离联邦，而只是由于发动和参加叛乱暂时中断与联邦的联系。
他对叛乱分子采取宽容态度，也始终是围绕维护联邦统一这一中心目标。在1863年大赦宣言中，林肯提出：“一切参加叛乱的人，只要它宣誓表示效忠并且废除奴隶制度，就可获得赦免，发还没收的全部财产（属于奴隶的财产除外），恢复被剥夺的政治权利。”这一措施对在战争中刀兵相见的敌人而言，是相当宽容的。
