在赋税问题上，魏源主张培植和保护税源，指出“善赋民者，譬植柳乎，薪其枝而培其本根”。他指责苛重税敛，“不善赋民者，譬则剪韭乎，日剪一畦，不罄不止”，认为重税破坏了纳税人的财产，也就破坏了国家赖以生存的基础“彼贪人为政也，专脧富民；富民渐罄，复脧中户；中户复然，遂致邑井成墟”，“有因何不种稻稷？秋收不给两忙税，洋银价高漕斛大，纳过官粮余秸秷。”
魏源主张国家利用赋税手段保护工商业的发展，认为“士无富民则国贫，士无中户则国危，至下户流亡而国非其国矣”。他所强调的富民主要是指工商业者。提出这一思想。有助于民族资本主义在中国的发展。魏源还对生产经营成本高低的原因及其对财政税收的影响作了一定的分析，例如他认为淮盐成本之高是由于细商所支付的浮费和勒索太多。
如果废除细商专卖制度允许散商凭票运销，即可大大降低成本从而降低价格，这样既可促进食盐销售，抵制走私，又可增加国家的盐税收入。魏源的这一观点在中国19世纪以前的经济思想中是极为罕见的。
魏源税收思想是指魏源重视理财，主张利国寓于利民之中。他说：“专主于便民者，民便而国亦利;专主于利国者，民不便而利归中饱，国乃愈贫。”(《元史新编·食货·盐法》)反对官营而力主私营，以开矿为例，认为“禁民采而兴官采”会利多于弊。“民开而官税之，则有利无弊”。
故“许民开采，二十分取一为税，此开采最普之法”(《圣武记·军储篇》)。他从发展商品经济的要求出发，认为运输、采矿、制造、商业等民营有利于生产发展，有利于增加国家的赋税收入。还主张培养税源，稳定税收。
他说：“善赋民者，譬植柳!薪其枝叶而培其本根。不善赋民者，譬剪韭乎!日剪一畦，不罄不止。”(《古微堂内集·治篇》)认为重税不如轻税有利于国家财政收入。他说“绌课必由于重税”，“减课而有溢课之实”(《古微堂外集·筹鹾篇》)。
魏源很重视盐税、关税等“商课”收入，“以裨农赋之不足”。主张改革弊端，剔除浮费以便利商人，从而增加关税、盐税收入。关税至道光时成为国家财政收入的重要来源，魏源主张扩大商税以补农业税的不足的观点，符合社会经济发展与税制变革的要求。
