秉笔太监主要是掌管章奏文书，司礼掌印太监主要是掌管内外的奏章，他们的职权可以不断的扩大，因为秉笔太监会对内阁所拟定的懿旨给予最后的决定，而这就更是一个可以大做文章的良机。
其实这原本是由皇帝自己来解决的事，可是皇帝不愿意管理，这个特权就落到掌印太监的手中。可以说掌印太监是皇帝的机要秘书，内阁的票拟需经过太监的批红，尤其是武宗和世宗的时候，内阁、司礼监形成了互相抗衡的两大权力机构，内阁首辅因为不小心得罪司礼监而引来祸端的事情数不胜数。
有鉴于此，高拱上台之后就对冯保的势力进行压制，引起冯保的不满，这样他们两人就冲突起来。嘉靖四十五年，由于高拱入阁后得罪了世宗，最终被迫还乡，当时正是冯保来宣读将他驱逐回乡的圣旨的。接到这样的圣旨，高拱当然感到非常羞愤，高拱一向心胸狭窄，他甚至将这种失败的不满牵涉到了宣读圣旨的太监身上，很多年以后他还记得冯保那种尖锐刻薄的声音。
后来高拱又重新入阁做了首辅，当时正好掌印太监一职出缺，按资历本来是应该由冯保出任这个职位，但是独揽大权的高拱看见冯保就想起自己曾经被驱逐的事情，所以就很不喜欢冯保。
另外他为了报答曾经帮助他重新当权的三个太监，就把冯保弃置一旁，而推荐了资格不深的陈洪接任掌印太监。陈洪去职以后，高拱又让孟冲做了掌印太监，冯保知道高拱是故意跟他过不去，才不给他掌印太监的职务，因此他心里感到异常的气愤。然而高拱大权在握，冯保也无可奈何，只好忍气吞声，等待着时机来临。
根据一些野史的资料说，高拱和冯保还因为一个风月场上的女人曾经发生过冲突，那个女人很有几分姿色，但是由于生活所迫，便只在青楼里卖笑为生。后来被冯保中把她赎出，这女人自然感恩戴德的侍奉在冯保左右，并与冯保结下了深厚的感情。
后来高拱的侄子高雾观看上了这个女子，于是在光天化日之下强行把她抢了过去，高雾观是高拱兄弟的独子，他从小就在高拱身边长大，被高拱视为掌上明珠。但是他不务正业，整天寻花问柳，冯保得知他抢走自己的女人之后大怒，对高拱从此恨之入骨。但是高拱的势力强大，冯保只好忍着怒气，将怨恨埋在了心底，从此和高拱结下了不解之仇。
高拱自恃自己是皇帝的老师，有皇上撑腰，再加上手中有无上的大权，根本就没有把冯保放在眼里。高拱和冯保都在朝中办公，总会有见面的时候，平时见了就互不搭理，遇到无法回避的公事时，高拱对冯保也是颐指气使，而冯保对他也毫不客气。
原本就对高拱不满的张居正看到这种情形，心里非常高兴，但表面上却没有表露出来，每当高拱和冯保二人发生冲突的时候，张居正总是站在一旁冷眼旁观，不加入任何一方，最多只是随意劝上几句。
有一天穆宗皇帝生病了，张居正和高拱来到乾清宫看望，这时冯保来了，他只对张居正点头施礼，对高拱却不加理睬。张居正也对冯保还礼，表现的十分客气，而高拱这时却紧绷着脸，一动不动，冯保看着一言不发的高拱就来了气，于是冯保想了个办法。
他沉下脸来，突然厉声说道：“高拱，皇上着我传旨来了。”高拱不由得吃了一惊，这才不情愿地抬头望着冯保。冯保是来传旨的，所以高拱只好压抑着心中的火气，跪在地上接旨。宣旨时冯保看到高拱恭敬地跪在他面前，顿时有了一种报复的快意。
