周敦颐在治学中，提出许多新问题，并作出新的论断，把儒学推进了一步。他所提出的无极、太极、阴阳、五行、动静、主静、至诚、无欲、顺化等理学基本概念，为后世的理学家反复讨论和发挥，构成理学范畴体系中的重要内容，成为宋明理学的开山祖师。
南宋理宗时，诏从祀孔子庙堂，其理学奠基者地位为官方所承认。
周敦颐是宋明道学的开创者。在当时儒、佛、道合流的形势下，从对于《老子》的“无极”、《易传》的“太极”、《中庸》的“诚”以及五行阴阳学说等思想资料进行熔铸改造，并为宋以后的道学家提供“无极”、“太极”等宇宙本体论的范畴和模式来说，周敦颐确有“发端之功”。二程的“扩大”，朱熹的“集大成”，就一定意义说，都不过是在周敦颐原有的思想基础上使道学理论更加完善化、系统化而已。
周敦颐的哲学著作，现存者只有一幅从道教图录中改装过来的《太极图》、二百多字的《太极图说》和不满三千字的《通书》。
周敦颐以儒家学说为基础，融合道学，间杂佛学，提出"太极而无极"的宇宙生成论。他认为，无极（无）生太极（有）。太极能动能静，动则生阳，静则生阴。动之极则走向静，静之极又回复为动，一动一静"互为其根"。阴阳生两仪（天地）。再阴变阳合：生水、火、木、金、土五行。
五行之气流动，推动春、夏、秋、冬四季运转。故五行统一于阴阳，阴阳统一于太极，太极本原于无极，无极是宇宙生成的根本。阴阳二气与五行之"精"巧妙凝合，又形成男女。变化无穷的万物中，人得天地之"秀"而为万物之灵。五行之性触感外物而动，则呈现恶与善，形成错综复杂的万物。
周敦颐提倡"文以载道"。强调文辞是艺，道德为实。笃其实而书之，美则爱、爱则传，贤者得而学之，是为教化。不务实，虽业师保勉，人也不学。不知务道德，而专以文辞为能，是"虚车"，实为弊端。
周敦颐政治主张的中心是"顺化"。指出圣人在上，以仁育万物，以义正万民。圣人修仁义之德，万民才能接受教化，化而为善。同时，也强调刑罚，认为天以春生万物，以秋成万物。故圣人法天，以政养万民，以刑治世。但要"明慎用刑"。主刑者，掌握人的性命，不可不慎，要中正明达。
朱熹认为周敦颐的“太极”说是“推一理二气五行之分合，以纪纲道体之精微。”（《通书》）这一评价虽有以朱解周、求之过深之处，但多少概括了周敦颐哲学思想的某些特征。以后道学家争论的理气关系、动静关系和理欲关系等问题，都可以在周敦颐的哲学思想中找到“具体而微”端倪。在宋以后的哲学发展中，周敦颐的“发端”作用是不应忽视的。
