董卓到长安后就自称太师，要汉献帝尊他为“尚父”。当他看到朝廷里的大臣们人心涣散，威胁不了他时，他就开始玩乐起来了。
他在距长安200多里的地方建起了一座城堡名叫郿坞，城堡的城墙又高又厚，他把从人们那里搜刮来的金银财宝和粮食都储藏起来，就只是说粮食这一项就是30年都吃不完，郿坞建成后董卓得意洋洋地对人们说：“如果重大事件能实现，世界就是我的；如果重大事件不能实现，我会在这里安度晚年，没有人能进去”。
董卓有一个心腹名叫吕布，董卓认吕布为干儿子，让吕布时刻保护着他的人身安全，无论他到哪里，吕布都得跟着他，吕布力气很大，射箭和骑马都很厉害，想刺杀董卓的人就因为怕吕布的勇猛，都不敢动手，司徒王允想除掉董卓，他知道要想除掉董卓，首先得解决掉吕布这个大麻烦，所以他经常邀请吕布到他家喝酒和他聊聊天，久而久之吕布觉得王允对他很好，便向王允透露了他和董卓的一些事情。
原来，董卓脾气暴躁，只要有一点做得不如他的意，他就对父子关系置之不理向吕布发火，有一次吕布不小心撞到了他，董卓竟然向吕布扔了几把戟，幸运的是吕布目光敏锐，侧身避开了飞来的戟所以没有被刺伤，因为这件事情吕布心里非常不舒服，王允听到吕布的话很高兴，他告诉吕布他想杀掉董卓的想法，吕布答应和王允一起干。
192年，汉献帝病愈，他在未央宫会见了大臣，接到通知后董卓就从郿坞前往长安，为了防止被刺杀，他在宫廷服里穿上铁甲，派警卫在通往宫殿的公路两旁近距离警戒，他还叫吕布拿着长矛在背后保护着他，他以为这样做就是万无一失的。
他不知道的是王允和吕布已经计划好了，吕布在队伍中安排了几个战士，伪装成卫兵在宫门前等候，董卓的车一进门就有人拿起戟刺向他的胸口，但是董卓胸前穿着铁甲，戟刺不进去，吕布见此情景立即举起长矛刺穿董卓的喉头，然后他从怀里拿出一道诏书对大家宣布：“皇帝下令只杀董卓，其他人都不追究”，董卓的将领和部下听到这句话都高兴地喊万岁。
长安人听到奸贼董卓的死讯，欢声雷动举杯庆祝，然而不久董卓的部下李催和郭汜就入侵长安杀死王允，也赶走了吕布，长安再次陷入混乱和动荡不安中，董卓在历史上被认为是一个恶毒无情的人，人们习惯于把造成东汉末年国家混乱的社会状况算在他头上，事实上董卓只是一个勇敢而有战略技能的将军，如果不是因为外戚和官员的无能，他也不会拥帝自立，他的历史作用只是打开了军阀混战的大门。
