1917年的蔡元培已名满天下。这年他出任北京大学校长。由于他力倡科学与民主，实行“囊括大典，兼容并包”和教授治校的方针，北京大学的面貌发生了很大变化，并成为中国新文化的中心。
1919年发生“五四运动”，北京大学是这一运动的核心与主力。5月4日这天数千学生上街游行，反对段祺瑞政府在卖国的《凡尔赛和约》上签字。愤怒的学生火烧赵家楼，痛打章宗祥，军阀政府出兵镇压，抓捕了30多名学生……
蔡元培是爱国的，也是爱学生的，所以他刻不容缓与军阀政府义正辞严地进行交涉，迫使当权者立即释放了被捕的学生。周谷城作为当年北京大学的学生，是5月4日那天游行的亲历者。
1988年，在《纪念蔡元培先生诞生120周年学术研讨会》上周谷城发表了一篇题为《怀念蔡元培校长》的演讲，其中说：“……已经被抓去的学生不得出来，政府还要抓人。蔡先生这时做了空前未有的贡献，他一个人在那里活动，把学生保释出来，究竟他用了什么办法，我们不得而知。”
“学生出来后，他就离开学校到上海。他离京前留下这样几句话：‘民亦劳止，汔可小休’，人民劳苦够了，该可以稍稍休息了。‘我欲小休矣’，我蔡某也劳苦够了，我也想稍稍休息了。”
事实上，蔡元培离开北京大学前，不仅留下了《诗经》中“民亦劳止，汔可小休”这两句话。1919年5月9日，蔡元培写了《辞北大校长职出京启事》，发表在次日《北京大学日刊》上，全文如下：
我倦矣！“杀君马者道旁儿”。“民亦劳止，汔可小休”我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去；其他向有关系各学校，各集会，自五月九日起，一切脱离关系，特此声明，惟知我者谅之。
这个启事的开头写道：“杀君马者道旁儿”隐含着什么意思？为此，笔者向古文字学家金文明请教，他说这个典故最早见于东汉时期应劭的《风俗通义》，此书的原本已失传。到了唐朝，《艺文类聚》卷九十三中，记录了这个典故，只是原文为“杀君马者路旁儿”，蔡元培把“路旁”写成了“道旁”。《风俗通》的原文大意应为：
“杀君马者路旁儿也”，言长吏马肥，路边小儿观之，观者快之，乘者喜其言，驱驰不已，至于死。
这个典故是说，长吏养的马很肥，路边的小孩子们和其他人对这马都喜欢而兴奋。养马的人听了赞美很高兴，便让他的马奔跑不已，结果把这匹马累死了。
这个典故的寓意，简言之，就是吹捧可杀人，即“捧杀”。
蔡元培在辞职的启事中为什么一开头就说“我倦矣，杀君马者道旁儿”？对此说法不一，依我之见，蔡元培的头脑是出奇的清醒和理智——他知道自己威望很高，但不愿做一匹肥马，不愿意被捧杀。
蔡元培不愿当“肥马”的言论，是针对北京大学的师生吗？不是，他的矛头所指是北洋政府。为蔡元培辞职事，北洋政府发了个“大总统指令第1332号”，其中对蔡元培赞美有加，并一再挽留。1919年6月15日，蔡元培公开发表了《不愿再任北京大学校长的宣言》其中讲了辞职的三大理由：
（一）我绝对不能再做那政府任命的校长：为了北京大学校长是简任职，是半官僚性质，便生出许多官僚的关系……我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？
（二）我绝对不能再做不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。德意志帝政时代，是世界著名的专制国家，他的大学何等自由。那美、法等国更不必说了。北京大学向来受旧思想的束缚，是很不自由的。我进去了，想稍开点风气……那（哪）知道旧的一方面，看了这点半新，就算“洪水猛兽”一样了，又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充当这种大学的校长么？
（三）我绝对不能再到北京的学校任校长。北京是个臭虫窠。无论何等高尚的人物，无论何等高尚的事业，一到北京就都染了点臭虫的气味，我已经染了两年有半了……难道还要我再做逐臭之夫，再去尝尝这气味么？
蔡元培的性格是非常温和宽容的，但他这个宣言却写得激愤异常，容不得半点讨价还价。
