义和团的起源有多种说法。
白莲教说，这一看法的代表是劳乃宣的《义和拳教门源流考》。认为义和团起源于白莲教。
大刀会说，大刀会是清代华北由贫苦农民为主的一个团体，成员演练“金钟罩”，认为可以刀枪不入，也被认为是义和团的起源之一。
乡团说，也有部分人认为义和团起源于民间的乡团组织。
拳会说，在清代有许多传播武术的民间团体，如义和拳、梅花拳等，特别是义和拳在长期发展中蒙上了浓厚的民间宗教色彩。被认为是义和团的前身。
义和团的成分极为复杂，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，后期也混杂进了不少流氓无赖，“上自王公卿相，下至娼优隶卒，几乎无人不团”使得义和团的组织极为松散，不利于集中力量打击敌人。
据陈贵宗《义和团的组织和宗旨》所说，义和团的组织大致分为：此外，义和团还有“红灯照”“蓝灯照”“黑灯照”（寡妇组成）花灯照（妓女组成）等妇女组织。
义和团内部又可分为官团，私团与假团。所谓官团是指接受清廷的招抚，向清政府挂号，接受清廷官员的统率，领取其粮饷。官团得到清政府的承认，听从其调遣。承认官团是清廷控制义和团的手段。私团则大多系团民自发组织，带有很大的独立性。自行设坛或从事“灭洋”斗争。假团则有其复杂性，一般说来，义和团是一个几乎人人可以加入的松散的组织，但实际上，有很多义和团组织被清政府以“伪团”，“假团”的名义镇压。
“假团”分两种情况，一是不服从清政府的统治并对其构成威胁，因而被消灭，是其镇压和消灭义和团的借口。二是部分不良分子甚至教民假扮义和团横行不法，前者如“素不安分之徒，或投坛附和，或仿效装束，鱼肉良善。”（《天津一月记》）后者如“奉教者皆扮成假义和拳会，各处寻仇杀人，北京西城尤多”（《义和团运动史料丛编》），“直北一带，天主教民往往效拳匪服色，四出行劫。有被获者，自称义和团，则地方官即释之。”（《庚子记事》）
义和团有自己的一套纪律，既有官方颁发的十条团规，也有自己独特的规定，如“毋贪财、毋好色、毋违父母命、毋犯朝廷法，杀洋人、灭赃官，行于市必俯首，不可左右顾，遇同道则合十”等。这些戒规在初期得到了较好的遵守，当时有人的记载就说明了这个问题：“看其连日由各处所来团民不下数万，多似乡愚务农之人，既无为首之人调遣，又无锋利器械；且是自备资斧，所食不过小米饭玉米面而已。
既不图名，又不为利，奋不顾身，置性命于战场，不约而同，万众一心；况只仇杀洋人与奉教之人，并不伤害良民；以此而论，似是仗义”（《庚子记事》），有时义和团甚至担负起维持治安的责任，如“刻有聂军门所统之武卫军兵多人，皆持器械，向各处抢夺。经匪首曹福田拿获二十余人，皆杀死。”（《天津拳匪变乱纪事》）。
义和团运动后期，由于成员日益复杂，出现了许多违法乱纪的现象，但连后来的清政府上谕也不得不承认“……涞涿拳匪既焚堂毁路，亟派直隶练军弹压。乃该军所至，漫无纪律，戕虐良民，而拳匪专持仇教之说，不扰乡里，以致百姓皆畏兵而爱匪，匪势由此大炽，匪党亦愈聚愈多”。
