结合一些文献史料的记载和出土的壁画文物大体可以得知：由于图坦卡蒙登基时年纪非常小，只能同老臣阿伊共掌大权。他在18岁时突然死去。接下来，老臣阿伊继承了王位。对图坦卡蒙的死，历史上没有任何记录。虽然考古学家在对他的木乃伊进行的检验时，发现他的头上有一处受伤的痕迹，但在他死以前已经部分治愈，可能是意外受伤，但也不排除被暗杀的可能，因为根据X光照片显示，他头颅后的下方有一个暗点，表示他的后脑可能有被重击的慢性创伤。而他的继任者力图抹去历史对他的记载，所以在他坟墓被发掘以前，历史很少有对他的记载。
谋杀说
自从83年前图坦卡蒙的陵墓被发现以来，关于这位少年埃及法老的死因，考古学界就一直有种种猜测，研究人员认为他可能是因为争夺继承权问题而被随后继承他的同胞阿伊杀害。由于60年代对图坦卡蒙进行医学检查和X光检测的结果表明其头骨有一处骨折，所以阿伊一直被怀疑是谋杀者。但是，上周对图坦卡蒙木乃伊的进一步更详细的检测发现，最初的怀疑是错误的，阿伊并非凶手。
疾病说
最新研究表示：木乃伊脑后的洞是在木乃伊制作过程中产生的。扫描结果显示，图坦卡蒙生前疾病缠身，脊柱严重弯曲，右脚趾趾骨严重畸形并处于处于恶化的状态，一条腿骨折；DNA检测结果显示，图坦卡蒙生前得过疟疾并患有多种遗传性疾病。综合种种，考古学家认为：图坦卡蒙是由足伤感染引发恶性疟疾而死的可能性较大。
