摩西带着妻子和两个儿子返回埃及，但只是告诉岳丈他回埃及的目的是探望族人（四18）。圣经记载说，摩西叫妻子和两个儿子骑在同一匹驴子上（四20），3人同坐一匹驴子显示两个孩子仍然年幼，并不是摩西结婚初期所生的。
在路上一个住宿的地方，一件奇怪的事发生了；耶和华遇见摩西，想要杀他（四24），这明显因为摩西在离开米甸之前，仍未替孩子行割礼。西坡拉知道摩西的生命有危险，便亲自执行这仪式，并对丈夫说：「你真是我的血郎了。」（四25）姑勿论这次与神不寻常的相遇含有些什么其他意义，这遭遇确实是一个严肃的提醒，提醒那作约民领袖的人，自己先不可忽略约中任何一部分（创十七10-14）。
神命亚伦（他仍在埃及）上山，到他在荆棘火焰中向摩西显现的那山上去，在那里与他的弟弟相见。摩西把所发生的一切事情告诉了亚伦，并一起返回埃及，聚集了众长老，告诉他们一切。摩西和亚伦在众民面前施行神迹时，他们就相信这两位领袖是奉神差遣来拯救他们脱落困苦的（出四30、31）。
第三个40年──由埃及至迦南
摩西返回埃及不久，在亚伦的陪同下，来到法老那里重复耶和华的要求：「容我的百姓去，在旷野向我守节。」（出五1）法老拒绝这要求，声言他从未听闻摩西的神。当时的埃及王看他们自己是神，所以我们可以想像法老认为这是何等的侮辱。他不但拒绝摩西的要求，而且还加重希伯来人的重担。这事以前，希伯来人做砖所用的草是由埃及人供应的，现在他们要自己去捡草，但做砖的数目不可减少。
希伯来人痛苦和愤怒地转向摩西说：「你们使我们在法老和他臣仆面前有了臭名。」（五21）即使摩西也不明所以，遂向神抱怨说：「你为什么苦待这百姓呢？」（五22）拯救希伯来人脱离困轭，并且会带领他们进入他应许给亚伯拉罕、以撒和雅各之地（六8）。神吩咐摩西再次来到法老面前，重复那释放希伯来人的要求，并声明法老若不答允，必遭惩戒。
亚伦的杖变作蛇
摩西再次进入法老的宫中，重申释放以色列人的要求。摩西以亚伦的杖变作蛇，欲以此吓倒法老，可是，埃及的术士用邪术也能行这神迹，但是亚伦杖所变的蛇吞食了术士的蛇。法老心里刚硬，不肯听从摩西。随着摩西在埃及地一件接一件的施行9灾，显出神的全能，使法老屈服。这九灾包括将尼罗河的水变作血（七20-24）、蛙灾（八1-15）、虱灾（八16-19）、蝇灾（八20-32）、畜疫之灾（九1-7）、疮灾（九8-12）、雹灾（九13-25）、蝗灾（十12-20）、以及黑暗之灾（十21-29）。
十灾降临埃及
摩西施行蛙灾、蝇灾、雹灾、蝗灾和黑暗之灾时，法老感到狼狈，曾暂时温和下来，答应摩西的要求，但天灾过后，他的心又再刚硬，收回他的承认。头9灾严重地破坏了埃及地，但以色列人仍未得释放，直到第10灾的出现，这也是最可怕的一个灾害。
第一个逾越节
神告诉摩西，还有一灾要临到埃及人：「凡在埃及地，从坐宝座的法老直到磨子后的婢女所有的长子，以及一切头生的牲畜，都必死。」（十一5）此外，他向摩西保证，这灾不会伤及希伯来人任何一家，「好叫你们知道耶和华是将埃及人和以色列人分别出来。」（十一7）
神通过摩西和亚伦，指导以色列人准备尽快离开埃及。他们要向埃及人要金器和银器（十一2、3），神又吩咐希伯来人每户准备一只羊羔，若人少，可与邻舍共取一只。这是为埃及地最后一顿晚餐所准备的（后来成了以色列人历代以来为逾越节的定例）。羊羔的血要涂在门框和门楣上，以色列人要在屋里吃逾越节的晚餐。神应许希伯来人，凡是门上涂了血的，伤害必不会临到那一家。此外，又吩咐他们准备无酵饼。
杀长子之灾临到埃及人
到了半夜，耶和华那死亡的使者起来击杀埃及地所有头生的，由法老的长子直至被囚在监里的都不能幸免，埃及人中，没有一家人可以逃过这灾难。
出埃及
法老看见了所发生的事，便命令摩西和以色列人立即离开埃及地（十二31、32）。埃及人因为惧怕希伯来人的神，都答应了这要求来要求金银器和衣裳的以色列人。圣经说离开埃及的男丁约有60万人 (600,000)。连妇女和孩童在内，总人数可能超过200万(2,000,000)，当中又有许多闲杂人及牛羊群，这对埃及的经济来说，是一个十分严重的打击。
出埃及的事件被称为旧约的焦点；诚然这是旧约的中心事件，也是以色列进展成一个民族的时刻。犹太人今日仍回顾这事件，看神在历史中拯救以色列人的伟大救赎行动，正如基督徒以信心看十字架为伟大的救赎行动一样。
现今我们不能准确地肯定希伯来人出埃及的路线，不过，学者们却提供了许多不同的意见。以色列人没有采取最短、最直接的路线（那是沿着地中海的海岸，约需10日的路程），是因为神恐怕百姓遇见非利士人要打仗，就后悔要回到埃及，所以神领百姓绕道而行，走红海旷野的路。（出埃及记 13：18）希伯来人没有忘记约瑟曾要求他们返回故乡时，把他的骸骨也一起带回去（创五十25；出十三19）。
在路上，日间有云柱在以色列人前面，夜间也有火柱。云柱代表神与他们同在，并且引领他们踏上前路。
过红海
耶和华晓谕摩西说：“你吩咐以色列人转回，安营在比哈希录前、密夺和海的中间，对著巴力洗分靠近海边安营。法老必说：‘以色列人在地中绕迷了，旷野把他们困住了。’我要使法老的心刚硬，他要追赶他们，我便在法老和他全军身上得荣耀，埃及人就知道我是耶和华。
法老就预备他的车辆，带领军兵同去，并带著600辆特选的车和埃及所有的车，每辆都有车兵长。埃及人追赶他们，法老一切的马匹、车辆、马兵与军兵，就在海边上靠近比哈希录Pi Hahiroh 对著巴力洗分 Baal Zephon，在他们安营的地方追上了。
希伯来人看见一片愈来愈接近的尘土，知道埃及的军队正追赶上来，感到十分惊慌。他们面对着汪洋大海，前无去路，后有追兵，不知如何是好。于是以色列人转向摩西，埋怨他好把他们领出埃及。神再次向他们保证，叫他们不用害怕，也不需作任何防卫，神应许要为他们打这场仗，并且要把胜利赐给他们（出十四14）。
耶和华用强烈的东风把红海（也有学者认为是芦苇海）的水分开，让以色列人从干地走过去，到海的彼岸。
埃及人从后赶上，跟着以色列人走在干涸的海床上，但在他们还未到达彼岸之时，海水已复合了，埃及兵马都被淹毙在大海之中，以色列人则平安到达彼岸。摩西的姐姐米利暗（在这里米利暗首次被称为女先知）带领以色列人用诗歌庆祝神的拯救（出十五），然后继续他们的旅程。其后的叙述描写以色列人在沙漠中挣扎求存──缺粮和缺水、内部不和、埋怨摩西、与敌人争战等等问题。在这些经历中，摩西成为他们团结起来的力量和伟大的属灵领袖。
