女娲文化演变史上有一个奇怪的现象，许多学者有意无意的曲解女娲性别和身份，让女娲传说变得神秘和矛盾，其中最为啼笑皆非的莫过于把女娲说男性。这种做法在清代最为频繁。
例如清人陈康祺《郎潜纪闻》载：“金桧门宗伯，奉命祭古帝陵，归奏女娲圣皇，乃陵殿塑女像，村妇咸往祈祀，殊骇见闻饬有司更正。奉旨照所议行。康祺按：妇女祈祀，原干禁令。若女娲氏之为男、为女，则茫茫太古，荒幻难稽，百家纪言，更多错缪……古书大抵指为女者居多，然安知非互相傅会？且以妇女为天子，义悖当阳，恐启后世流弊，即如唐人尝以之贡媚则天。闻自宗伯奏闻后，河南地方官拟改为男像，鄙意亦似未安。按《列子》注云：“女娲古天子。”惟采取其意易像，饰为木主，而书曰“古皇女娲”，则称谓正而典礼不荒矣。请质之知礼者。”
这则笔记反应了多方面的信息：一是清朝妇女地位低下，连祭祀都是骇人听闻的行为；二是女娲是众多妇女心目中有至高无上的神祗，她们甘愿犯禁受罚也要祭祀女娲，女娲信仰已经深入人心。
朝廷强行禁止女娲崇拜，也有不得已的苦衷：妇女祭祀女娲很可能点燃压抑千年的女权激情，进而破坏男尊女卑的社会秩序。
对女娲性别，陈康祺只是怀疑，而赵翼的《陔余丛考》干脆说“有男人而女名者。如帝有女娲氏”同书《女娲或以为妇人》：“女娲，古帝王之圣者，古无文字，但以音呼，后人因音而傅以字，适得此“女娲”二字，初非以其为妇人而加此号也。《风俗通》云：女娲祷祀神只，为女婚姻置行媒自此始。《路史》因之，谓女娲佐太昊，祷于神只，而为女妇，正姓氏，职婚姻，是曰神媒。则女娲亦但系创置婚姻媒妁之人，而非女身也。乃后人因女娲之名，遂有以为妇人者。王充《论衡》引董仲舒之说：雨不霁，祭女娲。谓仲舒之意，盖以女娲古妇人为帝王者，男阳女阴，二气为害，故祭女娲以求佑也。充又云：今俗图女娲多为妇人之像。则女娲之讹为妇人，其来久矣。”
赵翼的言论有意曲解女娲性别，没有提供女娲为男性的证据，臆断女娲非女，曲解古文。创置婚姻媒妁就不能是女人——这种逻辑不可靠。他还把已经去世一千六百多年的王充也拉来“佐证”。
不过王充也有丑化女娲之嫌：“‘雨不霁，祭女娲’，于礼何见？伏羲、女娲，俱圣者也，舍伏羲而祭女娲，《春秋》不言。董仲舒之议，其故何哉？俗图画女娲之象，为妇人之形，又其号曰“女”。仲舒之意，殆谓女娲古妇人帝王者也。男阳而女阴，阴气为害，故祭女娲求福佑也。”
王充揣测董仲舒祭祀女娲的意图，因为女娲的女性身份造成阴阳不调进而导致干旱灾害，祭祀她的根本目的不为求福而为避害，这里的女娲俨然凶神恶煞，灾祸之源。
曲解女娲传说的做法是改变女娲的身份，设法把她从独立女神降格成依附于伏羲的对偶神。先秦时期就有女娲造物传说，秦汉明确记载女娲炼石补天，虽把女娲和伏羲相提并论，但未说二神有什么特殊关系，女娲神系是独立自主的行为。
到了东汉，《风俗通》让女娲伏羲成了兄妹，唐代的卢仝说“女娲本是伏羲妇”，两人结为夫妻并生儿育女，这种说法看似理所当然，却又与人民广泛接受的传统观念格格不入，女娲既是媒妁之神，亲自制定了“男妇同姓，其生不蕃”的婚姻制度，却又自身“知法犯法”；既有抟土造人的本领，也不需依靠兄妹结婚孕育人类。
该是时人已经发现了这个矛盾，晚唐李亢发挥想象，在《独异志》里为二人成婚制造了合理的细节：“昔宇宙初开之时，只有女娲兄妹二人在昆仑山，而天下未有人民，议以为夫妻，又自羞耻。兄即与其妹上昆仑山，兄曰：“天若遣我兄妹二人为夫妻而烟悉合；若不使，烟散。”于是烟即合，其妹即来就兄，乃结草为扇，以障其面。今时人取妇执扇，象其事也。”
需要注意的是这里并没有说“兄”就是伏羲，作者也知道二人并列三皇，强行婚配有伤大雅。况且当代已有伏羲女娲为夫妇的传说，虽然语焉不详读者自然会合二为一，李亢之狡黠可见一斑。用合理情节设置成功掩盖了新作品与旧传说的矛盾，把“娶妇执扇”的风俗附会到女娲身上，成功的把女娲伏羲结成夫妻。
这些学者缘何煞费苦心的曲解女娲性别和身份。丑化女娲是为凶神、变女娲为伏羲妹发生在东汉，正值儒家思想发扬光大，“天尊地卑，男尊女卑”广泛普及的时期，再加上两汉政治一大特色是经常性的太后垂帘，外戚秉政。对女主执政黑暗统治的深刻恐惧使女娲遭受牵连，对外戚秉政的司空见惯又让“二皇”结成兄妹。
曲解女娲性别主要发生在清代，亦值重男轻女严重的时代之一，女性拥有造人补天的巨大力量被考据学家本能的否定排斥。所以寻找女娲是男性的依据并设法曲解。但是女娲性别在千年传承中早已定格，强大的文化惯性让他们的苦心孤诣难以遂愿。
唐代文人改变女娲独立女神地位的原因，在李商隐的《宜都内人传》可以找到答案，武则天当政，重用男宠淫秽宫廷，宜都内人委婉劝诫：“古有女娲，亦不正是天子，佐伏羲，理九州耳。后世娘姥有越出房合断天下事者，皆不得其正，多是辅昏主，不然抱小儿。独大家革夫姓，改去钗钏，袭服冠冕，符瑞日至，大臣不敢动，真天子也。”
《宜都内人传》虽是小说，却真实反映了以李商隐为代表的晚唐文人的女权观念，武则天是历史上的女娲二世，她的帝王身份不仅颠覆了当时的男权社会，而且极具示范效益。武则天薨后，其儿媳韦后、其女太平公主皆有称帝欲望，让男权主义者意识到这种示范效益的力量及对男权社会的潜在威胁。
他们要彻底杜绝女性的权益意识复兴，消除女权主义的文化基因才是永葆男权的根本途径。也正是在这种男权危机和群体男权觉醒的作用下，女娲被动的和伏羲结为夫妻。丧失了独立身份。但是无论男权主义者如何煞费苦心的曲解，都没能颠覆代代相传于人民心目中的独立女神形象。对女娲传说的篡改和扭曲，恰巧暴露了大男子主义者对女娲文化所蕴含的强烈女权精神的深刻恐惧。
女娲传说自身强大的文化生命力，历时三千年不仅没有被消解或颠覆反而随着历史的演进历久弥新。唐宋以后出现女娲墓、女娲庙，民间信仰开始普及，官方组织的祭祀活动，虽有女娲、伏羲共享祭祀的现象，但二者始终是至少并列、平等的出现。
女娲作为创世神、始母神的独立神格一直无法被取代。直到今天，神话体系中的女娲也没有因为家庭身份的变化而沦为伏羲的附庸，反之，其神格地位已经隐隐超过了伏羲。
