所谓“妖书”，实则是类似传单的揭帖，是一种匿名的政治宣传品。万历朝的妖书案，影响较大的有“忧危竑议”妖书案与“续忧危竑议”妖书案，内容都与太子地位密切相关。
万历十六年(1588年)，河南人吕坤任山西按察使，以饱学之士自居的他把历史上的“列女”事迹编成一本书，名为《闺范》。这本书刊刻后流行很广，不久便由太监传入宫中。万历二十三年(1595年)，得到此书的郑贵妃命人增补了十余人，以汉明德皇后开篇，郑贵妃终篇，并加写一篇序文，嘱托其伯父郑承恩及兄弟郑国泰重新刊刻，书名改为《闺范图说》。
不料到万历二十六年(1598年)，有人托名“燕山朱东吉”撰写了一篇《闺范图说》跋，题名《忧危竑议》。托名“朱东吉”，意为东宫大吉。题名《忧危竑议》是因为吕坤曾上过一个奏折，尾句有“敬上忧危之疏”之语，因此“借其名以讽”。《忧危竑议》主要说吕坤的《闺范图说》首载汉明德马后由宫人进位中宫，客观上是适应郑贵妃想登上后位的需要，而郑贵妃之所以要重刻此书，目的在于想为立自己儿子为太子制造依据。
《忧危竑议》出现后很快传遍京城，搞得满城风雨。吕坤得知自己被卷入是非之中，急忙写了《辩忧危竑议疏》向皇上辩白，声明自己撰写《闺范》的目的只是为了“明女教”，与郑氏刊刻的《闺范图说》没有关系。神宗看到事情牵连到郑贵妃，不得不亲自出面干预，称《闺范》一书是他亲自推荐给郑贵妃的，因为书中大略与《女鉴》主旨相仿佛，以备朝夕阅览，并在谕旨中轻描淡写地作出结论：“这事联已洞知，不必深办。”神宗下令不必深办，不是对编写《忧危竑议》的人怀有宽容之心，而是担心此事追究起来，郑贵妃难脱干系。
不过，神宗并不想就此放过制造妖书的人。郑贵妃的伯父郑承恩看到《忧危竑议》后，怀疑是吏科给事中戴士衡和全椒县知县樊玉衡所为，因为戴士衡曾弹劾吕坤，说他“潜进《闺范图说》，结纳宫闱”；而樊玉衡则曾在要求册立太子的奏折中指责皇贵妃“不智”。神宗得到郑氏报告后，当即半夜传旨，将二人下诏狱拷讯，最终二人均被流放到边远地区。
然而一波未平，一波又起。万历三十一年(1603年)十一月十一日早晨，自朝房至勋戚大臣门口，都被放上匿名书一帙，封面题名“国本枚关”四字，而第一页第一行上赫然写着“续忧危竑议”五个大字。自称“续忧危竑议”，就是在表明此文是续“忧危竑议”而来。书中托名郑福成为问答，“郑福成”的含义，乃是指郑贵妃之福王(朱常询)将成为太子。
与《忧危竑议》相比。《续忧危竑议》的言辞更加激烈。《续忧危竑议》抓住皇太子岌岌可危的处境大做文章，指责郑贵妃企图废太子，册立自己的儿子为太子。书中称，神宗册立朱常洛为太子乃是出于迫不得已，但太子居住的东宫规制都不具备，因此储位未妥，国本未固，他日必将改封。而一旦改封，因为母爱者子贵，以郑贵妃之得宠，必然是福王朱常询成为太子。
文中又称，神宗之所以任用朱赓为内阁大学士，是因为“赓”与“更”同音，暗含他日变更朱家太子之意，还列举了依附朱赓的九个文武大臣的名字，称他们为“十乱”，声称在“十乱”的活动之下，不知什么时候太子就会被废掉。此外，书中还指责首辅沈一贯为人“陰贼”，“欲右郑而左王(指太子朱常洛)”。
一夜之间，《续忧危竑议》传遍京城，上至宫门，下至街巷，到处都有，舆论随之哗然。人们看到《续忧危竑议》竟指名道姓地议论当时朝政中最敏感的话题，个个大惊失色。朱赓一大清早在家门口发现了“妖书”，一看内容，竟是诬陷自己为“动摇国本”、他日更换太子的祸首，惊怒之下立即入宫，将《续忧危竑议》进呈神宗。此时，提督东厂司礼监太监陈矩也已经将此事报告神宗。神宗看完《续忧危竑议》勃然大怒，命令陈矩“大索，必得造妖书者”。
东厂、锦衣卫为了侦破妖书案，在京城掀起了一场大逮捕，一时间搞得京城内外人人自危，先后被捕入狱的有锦衣都督周嘉庆、僧人达观、医生沈令誉、四川渠县训导阮明卿、礼部右侍郎郭正域的仆人毛尚文等。其中周嘉庆和阮明卿等很快被释放，而其他人则卷入了朝中激烈的派系斗争。
