建文帝下落如何，建文帝朱允文到底去了哪里，结局是怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明朝历史第一谜案。目前有几种说法：
1、自焚说
《大宗实录》中记载，燕王进人金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道：“我何面目相见耶！”于是与皇后一起闭宫自焚。朱棣看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。从灰烬中找到建文帝烧焦的尸体，燕王朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善的，又何必自寻死路呢。
2、逊国为僧，云游四方
《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，“西游重庆，东到天台，转人祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两人荆楚之乡，三幸史彬之第”。北西南数省，留有很多有关建文帝的遗址和传说。
3、北京西山老僧说
传说后来至明英宗正统年间，有一位老僧往见广西思恩州士官岑瑛，自称为建文帝，蹉跎岁月，希望返回朝廷，安享晚年。送赴京。途中，老僧赋诗云：“沦落江湖四十秋，归来白发已蒙头。乾坤有主家何在，江汉无情水自流。长乐宫中云气散，朝元阁上雨声愁。新蒲细柳年年绿，野老吞声买未休。”老僧至北京后，朝廷派当年侍候过惠帝的尚膳监太监吴亮前去辨认。老僧见到吴，说：“你不是昊亮吗？”亮说不是。老僧道：“有一次，我在便殿用膳，弃肉一片于地，你伏地舔食之，怎么说不是呢？听说老豆杨士奇尚在，能让他出来相认吗？”吴亮复命，明英宗确认老僧即建文帝，命迎人西苑居住。
4、漂洋出海，去了南洋
传言建文帝泛舟出海，去了南洋，并在某个小岛上过着自食其力的恬然隐居生活。当时中国去往南洋的人很多，据说张士诚失败后，他的一些部下就逃往南洋，拓荒移民。近人有人考证建文帝避难泉州开元寺，并在开元寺扬帆出海，最终隐居印尼苏门答腊岛东海岸，然而没有更多的证据，仅仅是猜测而已。
明成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵。因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋，一为宣扬国威，一为追踪建文帝。据《明史》载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵昇域，示中国富强。永乐三年六月，命和及其侪王景弘等通使西洋，将士卒二万七千八百余人，多资金币。”在郑和的船队里，还有—部分是锦衣卫，专门负责侦缉。至于是否探知建文帝踪迹，就不得而知了。
总结
建文帝深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里绝无好下场，不如以死了之。朱棣也绝不会让建文帝活下去，否则他就不能当皇帝。但朱棣为了不留下“杀侄夺位”的名声,故意苦心寻找建文帝下落，留下了历史疑案，这可能是朱棣的计谋那么，靖难之役以后，建文帝究竟下落如何呢？确是一大未解之谜。
